지주회사는 다른 회사의 주식 소유를 통해 사업 내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사입니다. 일반적으로 지주회사는 자체적인 사업 활동을 통해 매출을 발생시키지 않는 순수지주회사와, 자체 사업을 영위하면서 다른 회사를 지배하는 사업지주회사로 구분됩니다.
세무 규정상 지주회사가 자체 사업을 영위하여 매출이 발생하는 것이 금지되는 것은 아닙니다. 다만, 지주회사의 사업 활동으로 인해 발생하는 매출이 부가가치세법상 과세 대상이 되는지 여부는 해당 사업의 성격에 따라 달라집니다.
예를 들어, 금융지주회사의 경우 금융업 외의 사업을 영위하면서 발생하는 매입세액은 과세사업과 면세사업(또는 비과세사업)에 관련된 매입세액을 구분하여 공제받아야 합니다. 매출이 전혀 발생하지 않는 지주회사가 매입세액을 전액 공제받으려는 것은 부가가치세 체계에 어긋난다는 판례가 있습니다. 따라서 지주회사의 사업 활동으로 인한 매출 발생 시에는 관련 세법 규정을 면밀히 검토해야 합니다.