종합소득세 신고 시 중소기업특별세액감면을 적용받은 후 세무조사에서 부정과소신고가 발생하여 수정신고할 경우, 부정과소신고 금액만큼만 중소기업특별세액감면을 배제하면 되나요?

종합소득세 신고 시 중소기업특별세액감면을 적용받았으나, 세무조사 결과 부정과소신고가 발생하여 수정신고를 하는 경우, 부정과소신고 금액에 대해서는 중소기업특별세액감면이 배제됩니다. 즉, 부정과소신고로 인해 증가한 세액 부분에 대해서만 감면 적용이 제외되며, 부정과소신고에 해당하지 않는 부분에 대해서는 감면 적용이 가능할 수 있습니다.

부정과소신고로 인한 감면 배제는 「조세특례제한법」 제128조 제3항 및 관련 법령에 근거하며, 이는 납세자의 고의적인 과소신고 행위가 감면 제도의 취지를 훼손하는 것을 방지하기 위함입니다. 따라서 수정신고 시에는 부정과소신고 금액과 그 외 금액을 구분하여 감면 적용 여부를 판단해야 합니다.