사업용 부동산 매매 시 부가가치세 부담 주체는 일반적으로 매수인입니다. 다만, 계약서에 부가가치세 부담에 대한 별도 언급이 없는 경우, 매매 대금에 부가가치세가 포함된 것으로 간주되어 매도인이 부담하게 됩니다.
매도인과 매수인 모두 사업자인 경우, 매수인이 부가가치세를 부담하고 추후 매입세액 공제를 통해 환급받을 수 있습니다. 반면, 매수인이 개인인 경우 부가가치세를 부담하지만 환급받을 수는 없습니다.
또한, '사업의 포괄적 양수도' 계약을 체결하는 경우에는 부가가치세가 과세되지 않습니다.