비영리법인의 직원 파견 근무 관련 규정은 무엇인가요?

비영리법인이 직원을 다른 법인에 파견하는 경우, 해당 파견 직원의 급여 및 복리후생비 등 관련 비용의 손금 산입 여부는 파견 목적, 계약 내용, 실제 업무 수행 내용 등을 종합적으로 고려하여 판단해야 합니다.

일반적으로 모회사가 자회사의 경영 지원 등을 목적으로 직원을 파견하고, 파견 직원의 급여 등을 자회사가 모회사의 규정에 따라 지급하는 경우, 해당 파견 직원의 업무 수행 내용이 자회사의 업무와 직접 관련이 있다고 인정되는 부분에 대해서는 자회사의 손금으로 인정될 수 있습니다. 이는 법인세법상 과다경비 등의 손금불산입 규정과 관련하여, 특수관계자 간의 거래에서 부당하게 높은 비용을 계상하는 경우 손금으로 인정되지 않을 수 있기 때문입니다.

다만, 파견 목적이 그룹사 간의 업무 효율화 도모 등이고, 파견 직원에게 발생하는 비용을 파견 회사에서 최종적으로 부담하는 경우, 해당 인건비가 부가가치세 과세 대상이 되는 용역의 대가로 보기 어려워 부가가치세가 과세되지 않을 수 있다는 해석도 있습니다. 이는 파견 직원의 근로 제공이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 것으로 보기 어렵고, 부가가치를 창출하지 않는다고 판단될 경우에 해당합니다.

정확한 판단을 위해서는 구체적인 계약 내용, 파견 직원의 실제 업무 내용, 관련 법령 및 유권해석 등을 종합적으로 검토해야 합니다.