네, 관계회사에서 운영하는 상품 판매점을 통해 직원에게 할인된 가격으로 상품을 제공하는 경우에도 부가가치세 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다.
결론적으로, 직원에게 할인 판매하는 경우에도 원칙적으로는 시가(소비자 판매 가격)를 기준으로 부가가치세를 납부해야 하지만, 특정 요건을 충족하면 할인된 가격을 기준으로 부가가치세를 납부할 수 있습니다. 또한, 직원에게 제공되는 할인 혜택은 근로소득에 해당될 수 있습니다.
근거:
부가가치세 과세 대상: 회사가 직원에게 자사 제품을 할인된 가격으로 판매하는 것은 재화의 공급에 해당하므로 원칙적으로 부가가치세 과세 대상입니다.
특수관계인과의 거래: 회사와 직원은 세법상 특수관계인에 해당합니다. 특수관계인과의 거래 시 부가가치세는 일반적으로 시가(소비자 판매 가격)를 기준으로 과세됩니다.
할인 판매 시 부가가치세:
일반적인 경우: 직원에게 할인 판매하더라도 소비자 판매 가격(시가)을 기준으로 부가가치세를 납부해야 합니다.
예외적인 경우: 만약 회사가 제3자에게도 동일한 조건으로 계속 할인 판매하고 있으며, 직원 할인 가격과 제3자 판매 가격의 차이가 복지 정책 등 거래 조건에 따른 매출 에누리에 해당한다고 인정되는 경우에는, 직원에게 할인된 가격을 기준으로 부가가치세를 납부할 수 있습니다. (서면-2019-부가-2304, 2020.03.13)
근로소득 과세: 직원이 회사로부터 제품을 할인받아 구매함으로써 얻는 경제적 이익(종업원 할인액)은 근로소득에 해당될 수 있습니다. 따라서 해당 할인액에 대해 근로소득세가 과세될 수 있습니다.