종합소득세 수정신고 시 연구인력개발비 세액공제가 전체 불인정되어 납부세액이 발생하는 경우, 해당 납부세액에 대해 가산세가 부과될 수 있습니다. 이는 본래 세액공제를 통해 납부할 세액이 없거나 줄어들어야 했으나, 요건 미비로 인해 공제가 배제되면서 추가 납부세액이 발생했기 때문입니다.
가산세는 납세의무자가 법정신고기한 내에 세액을 신고하거나 납부하지 않은 경우에 부과되는 것으로, 연구인력개발비 세액공제가 불인정되어 추가 납부세액이 발생한 경우에도 해당 세액을 수정신고 기한 내에 납부하지 않으면 납부지연가산세 등이 부과될 수 있습니다. 다만, 수정신고 시점에 따라 가산세 감면 혜택이 있을 수 있습니다.