세무조사 시 연구개발비 관련 소명은 어떻게 해야 하나요?

    2025. 11. 7.

    세무조사 시 연구개발비 관련 소명을 위해서는 다음과 같은 사항들을 준비하고 대응하는 것이 중요합니다.

    결론적으로, 연구개발비 세액공제 신청의 적격성을 입증할 수 있는 구체적인 증빙자료를 체계적으로 준비하고, 연구개발 활동의 성격과 연구 인력의 업무 내용을 명확히 소명해야 합니다.

    근거:

    1. 연구개발비 관련 증빙자료 철저히 준비: 세무조사 시 가장 중요한 것은 증빙자료입니다. 국세청은 연구개발비 세액공제 신청 기업에 대해 세부 내역과 관련 증빙을 요구하므로, 다음과 같은 자료를 준비해야 합니다.
      • 연구원들의 근무 기록, 급여 지급 내역
      • 연구개발 관련 과제 수행 기록, 보고서, 연구일지
      • 연구비 지출 내역, 영수증, 계약서
    2. 연구원의 업무 내역 명확히 정리: 연구원이 실제로 연구개발 업무만 수행했는지 확인해야 합니다. 연구개발과 무관한 업무(홍보, 영업 등)를 수행한 연구원이 포함되어 있다면 즉시 수정해야 합니다. 한국산업기술진흥협회(KOITA) 연구원 등록 여부를 미리 점검하는 것이 좋습니다.
    3. 연구개발비 성격 정확히 구분: 연구개발과 직접 관련된 비용과 일반 관리비용을 명확히 구분해야 합니다. 수탁연구개발 또는 공동연구개발을 수행한 경우, 관련 계약서 및 비용 정산 자료를 정리해야 합니다. 또한, 국고보조금을 활용한 연구개발비는 세액공제 대상에서 제외해야 합니다.
    4. 전문가와 상담하여 대응 전략 수립: 세무조사는 기업 내부에서만 대응하기 어려울 수 있으므로, 연구개발비 세액공제와 관련한 세무 전문가와 상담하여 필요한 경우 세무조사 대응을 위한 조언을 받는 것이 좋습니다.
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