학자금이 근로소득으로 처리될 경우, 급여 지급 시 소득세와 지방소득세(원천징수세액의 10%)를 해당 급여액에 적용되는 세율에 따라 원천징수해야 합니다. 또한, 매월 원천세 신고서를 전자 신고해야 합니다. 연말에는 연말정산을 통해 실제 소득세와 원천징수액을 정산하여 차액을 환급받거나 추가 납부하게 됩니다.
다만, 학자금 지원이 소득세법 시행령 제11조에 따라 비과세 요건을 충족하는 경우에는 원천징수 의무가 없습니다. 이 경우, 연말정산 간소화 자료에서 한국장학재단 등으로부터 수집된 학자금 대출 상환액을 교육비 납입액에서 제외하여 신고하면 됩니다.