하나의 의무 위반에 대해 여러 가산세가 중복으로 적용될 경우, 일반적으로 금액이 더 큰 가산세가 우선 적용됩니다. 만약 가산세액이 동일하다면, 세법에서 정한 특정 가산세가 우선 적용될 수 있습니다. 예를 들어, 신고불성실가산세와 납부불성실가산세가 동시에 발생하는 경우, 더 큰 금액의 가산세가 적용되며, 금액이 같다면 신고불성실가산세가 적용됩니다.
또한, 세금계산서 관련 가산세의 경우, 서로 다른 가산세가 중복될 때 중복 적용을 배제하는 규정이 있습니다. 예를 들어, 세금계산서 지연발급 가산세와 전자세금계산서 발급명세 지연전송 가산세가 동시에 적용될 수 있으나, 특정 경우에는 중복 적용을 배제하여 하나만 적용하게 됩니다.