중소기업 재직자 우대 저축공제와 관련하여 기업의 회계처리는 납입하는 금액을 인건비와 구분하여 연구인력개발비 또는 인력개발비 등으로 처리할 수 있습니다. 또한, 기업 납입금 전액이 손금 또는 필요경비로 인정됩니다.
근로자의 경우, 만기 후 수령하는 금액 중 기업이 납부한 금액은 근로소득으로 과세되지만, 조세특례제한법에 따라 해당 근로소득세의 50% (청년 근로자는 90%)를 감면받을 수 있습니다.
주의할 점은 중도 해지 시 기업이 납입한 금액과 이자를 환수당할 수 있으며, 만기 수령 후 다음 해에 4대 보험료가 일시적으로 상승할 수 있다는 점입니다. 또한, 연구인력개발비 세액공제를 받기 위해서는 간편장부 또는 복식부기로 기장을 해야 합니다.