폐업 시 재고를 실제로 폐기하는 경우, 부가가치세는 부과되지 않습니다. 사업용으로 구입한 재고나 유형자산을 폐기하여 손실로 처리하면, 이미 공제받은 매입세액을 다시 납부할 근거가 없으며 해당 손실액은 법인세 또는 종합소득세 계산 시 손금으로 인정받을 수 있습니다.
다만, 폐기 사실을 입증할 수 있는 서류를 반드시 보관해야 합니다. 일반적으로 폐기물 관리 기록이나 폐기 증명서 등이 필요할 수 있습니다. 만약 재고를 폐기하지 않고 그대로 보유하는 경우에는 '간주공급'으로 간주되어 시가를 기준으로 부가가치세를 신고하고 납부해야 할 의무가 발생합니다. 또한, 폐기가 사업과 무관하게 개인적인 용도로 이루어진 경우에도 시가에 대한 부가가치세를 납부해야 할 수 있습니다.