면세기관으로 매입세액 전액 불공제 대상인데, 10월에 발행된 7천만원 매입세금계산서에 대해 11월에 마이너스 세금계산서를 발행하여 상계처리된 11월분을 다시 신규 발행해달라고 요청하는 것이 효율적인지, 아니면 분기별 부가세 신고 시 10~12월 전체로 보면 이미 7천만원 세금계산서가 반영되므로 굳이 수정할 필요가 없는지 궁금합니다.

결론적으로, 면세기관으로 매입세액 전액 불공제 대상인 경우, 10월에 발행된 7천만원 매입세금계산서를 11월에 마이너스 세금계산서로 상계 처리한 후 다시 신규 발행하는 것은 효율적이지 않으며, 분기별 부가가치세 신고 시 10월부터 12월 전체를 고려하면 이미 7천만원 세금계산서가 반영되었으므로 별도의 수정은 필요하지 않습니다.

근거는 다음과 같습니다.

1. 매입세액 불공제 대상: 면세기관에 대한 매입세액은 부가가치세법상 공제 대상이 아닙니다. 따라서 해당 7천만원의 매입세액은 부가가치세 신고 시 공제받을 수 없습니다.
2. 상계 처리의 비효율성: 10월에 발행된 매입세금계산서를 11월에 마이너스 세금계산서로 상계 처리하는 것은 이미 발생한 불공제 대상 거래를 정리하는 과정으로 볼 수 있습니다. 하지만 이 과정에서 다시 신규 발행을 요청하는 것은 불필요한 절차이며, 세무상으로도 큰 의미를 갖지 못합니다.
3. 분기별 신고 시 반영: 부가가치세는 분기별로 신고하며, 10월부터 12월까지의 거래를 합산하여 신고합니다. 이미 10월에 발행된 7천만원의 매입세금계산서가 신고 시 반영되었다면, 이는 공제받지 못할 매입세액으로 처리될 것입니다. 따라서 별도의 수정 없이 그대로 신고해도 무방합니다. 오히려 수정 과정에서 오류가 발생할 가능성도 있습니다.
4. 세금계산서 불성실 가산세: 만약 면세기관에 대한 매입세금계산서를 과세거래로 잘못 발급하고 이를 신고했다면, 세금계산서 관련 가산세가 부과될 수 있습니다. 하지만 질문의 경우 이미 불공제 대상임을 인지하고 계시므로, 이를 신고 시 공제받지 않는다면 가산세 문제는 발생하지 않습니다.