사업의 포괄양수도 시, 고용증대세액공제 외에 일반적으로 승계되지 않는 다른 세제 혜택은 없습니다. 다만, 특정 조건 하에서는 일부 세제 혜택이 승계될 수 있습니다. 예를 들어, 법인 전환 시 양도소득세 이월과세, 취득세 및 등록면허세 면제, 부가가치세 면제 등은 포괄양수도 시 적용될 수 있는 혜택입니다.
고용증대세액공제의 경우, 사업의 포괄적 양수도 시 양도자의 미공제된 고용증대세액공제 이월액은 원칙적으로 양수자에게 승계되지 않습니다. 이는 고용증대세액공제가 해당 사업주의 고용 증대 요건 충족 여부에 따라 부여되는 공제이기 때문입니다. 따라서 사업을 양수한 후에는 양수인이 새로이 고용 증대 요건을 충족해야 공제를 받을 수 있습니다.
하지만, 일부 유권해석에서는 사업의 포괄적 양수도 시 상시근로자 수 계산 및 세액공제 적용에 관한 규정에 따라, 양수인이 기존 근로자를 승계하는 경우에 한하여 고용증대세액공제 이월액을 공제받을 수 있다는 해석도 있습니다. 이 경우, 양수인은 양도 전 사업의 직전 과세연도 상시근로자 수를 기준으로 하여, 승계한 근로자를 포함한 인원으로 공제대상 근로자 수를 산정하고 남은 공제액을 이월하여 다음 과세연도에 적용할 수 있습니다.