지점 사업장이 종사업장으로 변경된 후 발행한 매출세금계산서에 대한 결제대금을 본점 법인 계좌로 수령하는 것은 세법상 문제가 없을 것으로 보입니다. 다만, 이는 사업자단위과세 또는 주사업장 총괄납부 제도를 적용받는 경우에 해당하며, 해당 제도를 적용받기 위해서는 사전에 관련 절차를 이행해야 합니다.
사업자단위과세 또는 주사업장 총괄납부 제도를 적용받는 경우, 본점 또는 주사업장에서 모든 사업장의 세금계산서를 통합하여 발행하고 관리할 수 있습니다. 따라서 지점 사업장에서 발행한 매출세금계산서에 대한 결제대금을 본점 법인 계좌로 수령하는 것은 내부적인 자금 흐름으로 간주될 수 있습니다.
하지만, 만약 사업자단위과세 또는 주사업장 총괄납부 제도를 적용받지 않는 경우라면, 각 사업장별로 독립적인 세금계산서 발행 및 대금 수령이 이루어져야 하므로 세법상 문제가 발생할 수 있습니다. 이 경우, 지점 사업장의 매출은 지점 사업장 명의로, 본점 사업장의 매출은 본점 사업장 명의로 구분하여 신고 및 관리해야 합니다.