중소기업 취업 감면세액 90%를 적용받아 근로소득원천징수영수증 상 세액이 마이너스로 표시되는 경우, 이는 이미 납부했어야 할 세금보다 더 많이 납부되었음을 의미합니다. 따라서 회사는 해당 근로자에게 마이너스 금액만큼을 환급해주어야 합니다.
이는 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 제도의 취지에 따른 것으로, 감면 대상 근로자가 납부할 세액이 줄어들거나 없게 되어 발생하는 결과입니다. 만약 회사에서 이를 제대로 환급해주지 않는다면, 근로자는 직접 관할 세무서에 경정청구를 통해 환급받을 수 있습니다.