ISA 계좌에서 중도 인출을 하더라도 세제 혜택을 유지하는 방법은 납입한 원금 범위 내에서 인출하는 것입니다. ISA 계좌는 납입한 원금과 운용 수익이 구분되어 있으며, 납입한 원금은 언제든지 출금이 가능합니다. 하지만 운용 수익에 대해서는 중도 인출이 불가능하며, 수익금을 인출하려면 계좌를 해지해야 합니다. 계좌를 해지하게 되면 그동안 받았던 세제 혜택을 모두 반납해야 하므로, 의무 가입 기간 이내에는 가급적 출금이나 해지를 하지 않는 것이 좋습니다.
만약 의무 가입 기간(3년) 이후에 출금하는 경우에는, 계좌에서 발생한 투자 수익금이 200만원 이내라면 비과세 혜택을 유지할 수 있습니다. 200만원을 초과하는 수익에 대해서는 9.9%의 세율로 분리과세됩니다. 예를 들어, 3,000만원을 투자하여 3년간 20%의 수익률(600만원)을 올렸다면, 200만원은 비과세되고 나머지 400만원에 대해 9.9%의 세금(약 39.6만원)이 부과됩니다. 이는 일반 계좌에서 동일한 수익이 발생했을 때 내야 하는 세금(약 92.4만원)보다 훨씬 적은 금액입니다.