ETF의 보유 기간에 따른 과세 차이는 국내 주식형 ETF와 그 외 ETF로 구분됩니다.
국내 주식형 ETF의 경우, 매매차익에 대해서는 세금이 부과되지 않습니다. 다만, 분배금에 대해서는 15.4%의 세율로 원천징수됩니다.
반면, 국내 주식형 ETF를 제외한 다른 ETF(채권형 ETF, 레버리지 ETF, 해외 지수 추종 ETF 등)는 매매차익에 대해 15.4%의 세율로 과세됩니다. 이때 '보유기간과세'가 적용되어 ETF를 보유한 기간 동안 발생한 이익에 대해 세금이 부과됩니다. 실제 매매 가격 차이와 과표기준가 차이 중 더 적은 금액을 기준으로 세금이 계산됩니다.
해외 상장 ETF의 경우, 국내 ETF와는 다르게 취급되어 해외 주식과 동일하게 양도소득세 22%가 부과됩니다. 매매차익 250만원까지는 공제되며, 그 초과분에 대해 과세됩니다.