연말정산과 종합소득세 신고 시 세금이 중복으로 부과되지는 않습니다. 연말정산은 근로소득에 대한 세액을 미리 정산하는 절차이며, 종합소득세 신고는 연말정산 이후 추가적인 소득이 있거나 연말정산 시 누락된 공제 항목을 반영하기 위해 진행됩니다.
만약 두 곳 이상의 직장에서 근로소득이 있거나, 근로소득 외 사업소득, 기타소득 등이 있는 경우 종합소득세 신고 대상이 될 수 있습니다. 이 경우, 연말정산에서 이미 납부한 세액은 종합소득세 신고 시 차감되므로 중복으로 납부하는 것은 아닙니다. 다만, 연말정산 시 공제받지 못한 항목이 있다면 종합소득세 신고 시 추가로 반영하여 세액을 조정할 수 있습니다.
만약 연말정산과 종합소득세 신고 과정에서 세금이 중복으로 부과되었다고 판단될 경우, 경정청구 제도를 통해 과다 납부된 세금을 환급받을 수 있습니다.