법인 카드로 종합건강검진 비용을 결제할 경우 세무 처리는 어떻게 되나요?

법인카드로 결제하신 종합건강검진 비용은 원칙적으로 부가가치세 매입세액 공제가 불가능합니다. 이는 종합건강검진 비용이 사업과 직접적으로 관련이 있는 복리후생비로 보기 어렵고, 부가가치세법상 면세 대상인 의료보건 용역에 해당하기 때문입니다. 따라서 부가가치세가 부과되지 않아 매입세액 공제 대상이 아닙니다.

다만, 법인이 직원들의 건강 증진을 위해 법령에 따라 의무적으로 실시하는 건강검진 비용을 부담하는 경우, 이는 법인의 손금으로 인정될 수 있습니다. 하지만 임직원별로 검진 내용에 차등을 두어 발생하는 비용 차액이 사회통념상의 범위를 벗어나거나 법정 검진 범위를 초과하는 경우에는 해당 차액에 대해 근로소득으로 간주될 수 있습니다. 이 경우, 법인은 해당 금액에 대해 근로소득세를 원천징수해야 할 의무가 있습니다.