연금세액공제를 받지 못했을 경우, 일반적으로 직접적인 불이익은 없습니다. 하지만 연금저축이나 IRP와 같은 개인연금 상품은 세액공제를 통해 현재 납부해야 할 세금을 줄여주는 효과가 크기 때문에, 세액공제를 받지 못하면 이러한 절세 혜택을 놓치게 됩니다.
연금저축의 경우, 세액공제를 받지 않은 납입액에 대해서는 중도 해지 시에도 소득세가 부과되지 않습니다. 그러나 세액공제를 받은 금액에 대해서는 중도 해지 시 기타소득세(16.5%)가 부과될 수 있으며, 경우에 따라서는 납입 원금보다 적은 금액을 돌려받게 될 수도 있습니다. 따라서 연금저축은 가급적 55세 이후 연금 형태로 수령하는 것이 세금 면에서 유리합니다.