홈택스에 등록된 판매대행 매출 자료와 실제 매출 자료가 다를 경우, 부가가치세 신고 시에는 실제 매출액을 기준으로 신고해야 합니다. 홈택스에 자동으로 집계되는 자료는 카드 매출, 현금영수증, 세금계산서 등을 기반으로 하지만, 모든 거래를 완벽하게 반영하지 못할 수 있습니다. 따라서 실제 매출 증빙 자료(POS 시스템 기록, 영수증, 거래 명세서 등)를 바탕으로 정확한 매출액을 파악하고 이를 기준으로 신고해야 합니다.
만약 홈택스 자료와 실제 매출 자료 간 차이가 있다면, 실제 매출 자료를 기준으로 신고하고, 오류가 발견된 경우 수정 신고를 통해 바로잡아야 합니다. 홈택스에서 제공하는 자료는 참고용으로 활용하되, 최종적인 신고는 사업자 본인의 정확한 매출 기록에 근거해야 합니다.