비정규직 근로자가 두 곳에서 일할 때 3.3% 원천징수와 연말정산의 차이점은 무엇인가요?

    2026. 1. 20.

    비정규직 근로자가 두 곳에서 일할 경우, 3.3% 원천징수와 연말정산은 소득 신고 및 세금 정산 방식에서 차이가 있습니다.

    3.3% 원천징수는 프리랜서 또는 특수고용직 형태로 일할 때 적용되는 방식입니다. 소득 지급 시 세금(소득세 3%, 지방소득세 0.3%)을 미리 떼고 지급하는 방식이며, 이는 사업소득으로 간주됩니다. 일반적으로 연말정산 대상이 아니며, 다음 해 5월 종합소득세 신고 기간에 직접 신고해야 합니다.

    연말정산은 근로소득자에 해당하는 경우 적용됩니다. 회사에서 급여를 지급할 때 근로소득세를 미리 떼고 지급하며(원천징수), 연말에 회사에서 근로자의 소득과 공제 항목을 정산하여 최종 세액을 확정하는 절차입니다. 두 곳 이상에서 근로소득이 발생하는 경우, 주된 근무지에서 합산하여 연말정산을 하거나, 별도로 종합소득세 신고를 통해 정산해야 합니다.

    주요 차이점은 다음과 같습니다:

    1. 소득 구분: 3.3% 원천징수는 사업소득, 연말정산은 근로소득으로 구분됩니다.
    2. 정산 시점: 3.3% 원천징수는 종합소득세 신고 기간(5월)에 직접 신고, 연말정산은 근로자가 소속된 회사에서 연말에 정산합니다.
    3. 공제 항목: 연말정산 시에는 근로소득 관련 공제 항목(인적공제, 보험료, 의료비, 교육비 등)을 적용받을 수 있으나, 3.3% 원천징수 시에는 사업 관련 필요경비 등을 인정받기 위해 종합소득세 신고 시 관련 증빙을 제출해야 합니다.

    따라서 비정규직 근로자라도 근로계약서를 작성하고 4대 보험에 가입되는 등 근로기준법상 근로자로 인정받는 경우에는 연말정산을 통해 정산하게 됩니다. 만약 사업소득(3.3% 원천징수)과 근로소득이 함께 있다면, 두 소득을 합산하여 5월 종합소득세 신고 기간에 신고해야 합니다.

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