약국 부가세 신고 시 과세와 면세 대상 구분이 어려운 경우 어떻게 해야 하나요?
2026. 1. 22.
약국의 부가가치세 신고 시 과세 및 면세 대상 구분이 어려운 경우, 다음과 같은 방법을 통해 정확하게 구분하고 신고해야 합니다.
결론: 약국은 과세(일반약 매출)와 면세(조제 매출)가 혼합된 사업자이므로, 부가가치세 신고 시 각 매출 유형을 명확히 구분하는 것이 중요합니다. 구분이 어려운 경우, 관련 자료를 면밀히 검토하고 필요한 경우 전문가의 도움을 받는 것이 좋습니다.
근거:
면세 수입금액 산정:
- 면세 수입금액은 주로 조제료(보험 및 비보험)와 약가(보험 및 비보험)를 합산하여 산정합니다.
- 건강보험공단에서 제공하는 조제 현황, 금연 치료비 내역, 국세청 홈택스의 세무 신고 분석 자료, 카드사(PG사)의 매출 자료 등을 종합적으로 활용하여 파악할 수 있습니다.
- 예시: 30,000원 상당의 약 구입 시 공단부담금 20,000원, 본인부담금 10,000원이라면 면세 수입금액은 30,000원입니다. 여기에 비처방 의약품 5,000원을 추가 구매하여 총 35,000원을 결제했다면, 면세 수입금액은 30,000원, 과세 수입금액은 5,000원이 됩니다.
과세 수입금액 산정:
- 과세 수입금액은 부가가치세(10%)가 부과되는 수입으로, 신용카드 매출, 현금영수증 매출, 순수 현금 매출액 등을 포함합니다.
- 비처방 의약품(OTC) 중 면세 대상인 여성용품이나, 면세 대상 처방약 중 일반약으로 포함되어 과세 수입금액에서 누락되는 경우가 발생하지 않도록 유의해야 합니다.
- 신용카드나 현금영수증 매출은 PG사, 카드단말기, 포스업체 자료를 통해 확인합니다.
구분 어려움 시 대처 방안:
- 매출 자료 철저히 검토: 조제청구 프로그램의 매출과 실제 매출이 일치하는지, 비급여 매출 누락은 없는지, 금연치료 보조금이나 당뇨 소모성 재료 매출이 정확히 신고되었는지 등을 꼼꼼히 확인해야 합니다.
- 결제 수단별 구분: 신용카드, 현금영수증, 제로페이, 카카오페이 등 결제 수단별로 과세 및 면세 매출을 정확히 구분하여 신고해야 합니다. 특히 제로페이, 카카오페이 등은 과세 매출로만 표시되는 경우가 많으므로, 약국에서 직접 구분하여 전달해야 합니다.
- 전문가 상담: 매출 구분이 지속적으로 어렵거나 복잡한 경우, 세무사 등 전문가와 상담하여 정확한 신고 방법을 안내받는 것이 좋습니다.
정성훈 회계사가 검증한 답변이에요.
지수회계법인
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