간이과세자로서 베이커리 카페를 운영하며 면세 재료인 밀가루를 사용하는데, 종합소득세 신고 시 경비 처리는 어떻게 진행되나요? 부가가치세 신고 시 비용 신고가 되어야 종합소득세 자료로 넘어가는 것이 맞나요?

간이과세자로서 베이커리 카페를 운영하시면서 면세 재료인 밀가루를 사용하는 경우, 종합소득세 신고 시 경비 처리는 다음과 같이 진행됩니다.

결론: 종합소득세 신고 시 경비 처리를 위해서는 부가가치세 신고 시 비용이 적격 증빙으로 신고되어야 합니다. 면세 재료인 밀가루 구입 시에는 계산서 등을 수취하여 부가가치세 신고 시 매입액으로 신고하고, 이 자료가 종합소득세 신고 시 필요경비로 반영됩니다.

근거:

1. 면세 농산물 등의 의제매입세액공제: 사업자가 면세로 공급받은 농산물(밀가루 포함)을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 용역의 공급에 대해 과세되는 경우, 의제매입세액공제를 받을 수 있습니다. 이는 부가가치세 신고 시 적용되는 내용입니다.

   • 대상: 농·축·수·임산물, 소금, 김치, 두부 등 단순 가공 식료품 등
   • 요건: 과세재화와 용역의 원재료일 것 (면세재화를 생산하거나 면세농산물 등을 그대로 판매하는 경우에는 공제 불가)
   • 증빙: 의제매입세액 공제신고서와 함께 매입처별 계산서합계표, 신용카드매출전표 등 수령명세서, 매입자 발행 계산서합계표 등을 제출해야 합니다.

2. 종합소득세 신고 시 필요경비: 종합소득세 신고 시에는 사업과 관련하여 지출한 비용(경비)을 필요경비로 인정받아 소득에서 차감하게 됩니다. 이때, 부가가치세 신고 시 적격 증빙(세금계산서, 계산서, 신용카드 전표, 현금영수증 등)을 통해 매입액으로 신고된 자료가 종합소득세 신고 시 필요경비로 반영되는 것이 일반적입니다.

따라서 면세 재료인 밀가루를 구입하실 때에는 반드시 계산서 등 적격 증빙을 수취하시고, 이를 부가가치세 신고 시 매입액으로 신고하셔야 종합소득세 신고 시 해당 금액을 필요경비로 인정받으실 수 있습니다.

참고: 간이과세자의 경우, 매출액이 1억 400만원 미만인 경우에 해당됩니다. 또한, 2025년 현재 최저시급은 10,030원입니다.