비영리법인에서 특수관계자 인건비 지급 시 발생할 수 있는 세무 위험은 무엇인가요?

    2026. 1. 29.

    비영리법인이 특수관계자에게 인건비를 지급할 경우, 다음과 같은 세무 위험이 발생할 수 있습니다.

    1. 고유목적사업비 인정 불가: 임원 및 종업원에게 지급하는 총급여액 중 8천만원 초과분은 원칙적으로 고유목적사업 지출로 인정받기 어렵습니다. 다만, 주무관청의 승인을 받은 경우에는 예외적으로 인정될 수 있습니다. 승인받지 못한 초과분은 법인세 과세 대상이 될 수 있습니다.
    2. 부당행위계산 부인: 특수관계자에게 정상적인 거래 관행에 비해 현저히 높거나 낮은 수준의 인건비를 지급하는 경우, 세무 당국은 이를 부당행위로 간주하여 정상가액으로 조정하고 그 차액에 대해 법인세 또는 소득세를 부과할 수 있습니다.
    3. 가산세 부과: 출연자 등 특수관계자가 이사 또는 임직원 비율을 초과하여 인건비를 지급받는 경우, 관련 규정에 따라 가산세가 부과될 수 있습니다.
    4. 구분경리 의무 위반: 수익사업과 비수익사업(고유목적사업)을 명확히 구분하여 회계 처리해야 함에도 불구하고, 특수관계자 인건비 지급 시 이를 제대로 구분하지 않으면 세무상 불이익을 받을 수 있습니다.

    따라서 비영리법인은 특수관계자에게 인건비를 지급할 때 관련 법규를 철저히 준수하고, 지급 규정 및 증빙 서류를 명확하게 관리해야 합니다.

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