2025년도에 잘못 발행된 매입으로 980만원을 결제하셨고, 2026년 1월에 해당 금액이 차감되고 다른 금액이 반영된 경우, 이는 세금계산서의 오류 수정과 관련된 상황으로 보입니다. 일반적으로 다음과 같은 절차를 통해 처리할 수 있습니다.
수정세금계산서 발급: 당초 잘못 발행된 세금계산서에 대해 공급자가 수정세금계산서를 발급해야 합니다. 이 수정세금계산서에는 잘못 기재된 내용을 바로잡는 내용이 포함됩니다. 예를 들어, 공급가액이 잘못 기재되었다면 이를 수정하는 내용으로 발급됩니다.
가산세 적용 여부: 수정세금계산서 발급 시 가산세 부과 여부는 세금계산서의 필요적 기재사항 오류 여부 및 수정세금계산서 발급 시점에 따라 달라집니다. 만약 공급가액이 착오로 잘못 기재되었으나 거래 사실이 확인되는 경우, 수정세금계산서를 당초 세금계산서의 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고 기한(다음 해 1월 25일) 내에 발급하면 가산세가 면제될 수 있습니다. 귀하의 경우, 2025년 12월 31일자 세금계산서에 대한 수정사항을 2026년 1월 22일에 발급하는 것은 확정신고 기한 내에 해당하므로 가산세가 부과되지 않을 가능성이 높습니다.
매입세액 공제: 수정된 세금계산서를 통해 올바른 금액으로 매입세액 공제를 적용받을 수 있습니다. 다만, 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우 원칙적으로 매입세액 공제가 제한될 수 있으므로, 수정세금계산서 발급 시 관련 규정을 정확히 확인해야 합니다.
정확한 처리를 위해서는 당초 세금계산서를 발행한 공급자와 협의하여 수정세금계산서 발급 절차를 진행하시고, 필요한 경우 세무 전문가와 상담하시는 것이 좋습니다.