비영리단체 부동산 임대수입 매입세액 공제 방법

비영리단체가 부동산 임대업을 통해 발생한 수입에 대해 매입세액을 공제받기 위해서는 몇 가지 요건을 충족해야 합니다.

결론적으로, 비영리단체가 부동산 임대업을 영위하며 발생한 매입세액은 해당 부동산 임대업이 부가가치세 과세사업에 해당하고, 관련 매입세액이 과세사업을 위해 사용되었거나 사용될 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 것이어야 공제가 가능합니다.

근거는 다음과 같습니다:

1. 사업자등록: 비영리단체라 할지라도 부동산 임대업과 같은 수익사업을 영위하는 경우, 사업자등록을 해야 합니다. 사업자등록을 하지 않은 상태에서 발생한 매입세액은 원칙적으로 공제받을 수 없습니다. 다만, 사업자등록 신청일로부터 역산하여 20일 이내에 발생한 매입세액은 공제가 가능할 수 있습니다.
2. 과세사업 관련성: 공제받으려는 매입세액은 반드시 과세사업(부동산 임대업)과 관련된 것이어야 합니다. 면세사업이나 비영리활동과 관련된 매입세액은 공제되지 않습니다. 만약 부동산이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 경우, 부가가치세법에 따라 안분계산하여 과세사업에 해당하는 부분만 공제받을 수 있습니다.
3. 세금계산서 수취: 매입세액 공제를 받기 위해서는 적격 증빙인 세금계산서를 발급받아야 합니다. 이때, 비영리단체의 고유번호로 발급받은 세금계산서는 사업자등록번호로 발급받은 것이 아니므로 매입세액 공제가 되지 않습니다. 반드시 사업자등록번호로 세금계산서를 수취해야 합니다.
4. 용역의 공급: 부동산 임대용역은 대가를 받는 경우에만 부가가치세가 과세됩니다. 따라서 임대료를 받지 않거나, 받은 임대료보다 더 많은 보조금을 지급하는 등 사실상 무상으로 임대하는 경우에는 용역의 공급으로 보지 않아 관련 매입세액 공제가 어려울 수 있습니다. 다만, 지방자치단체가 부동산을 비영리법인에게 사용하게 하고 임대료를 받은 후, 그 임대료 수입을 재원으로 비영리법인에게 보조금을 지급하는 경우 이는 부동산 임대용역으로 보아 부가가치세가 과세되며 관련 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다.

참고: 비영리단체가 부동산 임대수입이 있을 경우, 일반과세자와 동일하게 1년을 2개 과세기간으로 나누어 예정·확정 신고를 진행해야 합니다.