선박투자회사의 법인세 신고 시 유의사항은 무엇인가요?

    2026. 2. 9.

    선박투자회사의 법인세 신고 시에는 일반 법인과는 다른 몇 가지 유의사항이 있습니다. 특히, 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례(톤세 제도) 적용 여부에 따라 신고 내용이 달라질 수 있습니다.

    결론적으로, 선박투자회사가 톤세 제도를 적용받는 경우, 해운소득에 대해서는 톤세법에 따라 법인세가 산출되며, 비해운소득에 대해서는 일반 법인세법이 적용됩니다. 톤세 제도를 적용받지 않는 경우에는 일반 법인세법에 따라 모든 소득에 대해 법인세를 신고·납부해야 합니다.

    주요 유의사항은 다음과 같습니다.

    1. 톤세 제도 적용 여부 확인: 선박투자회사가 톤세 제도의 적용 대상 업종(외항해상운송사업 등)에 해당하고, 톤세 적용 요건을 충족하는 경우 톤세 제도를 선택할 수 있습니다. 톤세 제도를 선택하면 해운소득에 대해 운항선박의 순톤수와 운항일수를 기준으로 산출된 이익에 법인세율을 곱하여 법인세를 계산합니다. 이는 실제 영업이익과 다를 수 있으며, 세무조정이 불필요하다는 장점이 있습니다.
    2. 해운소득과 비해운소득 구분: 톤세 제도를 적용받는 경우, 해운소득과 비해운소득을 명확히 구분하여 신고해야 합니다. 해운소득은 외항해상운송활동 및 이와 연계된 활동(화물 유치, 선박 취득·유지·관리 등)에서 발생하는 소득을 의미합니다. 비해운소득은 일반적인 법인세법에 따라 과세됩니다.
    3. 최저한세 적용: 톤세 제도를 적용받는 해운기업이 비해운소득에 대해 공제·감면 등을 적용받는 경우, 최저한세 계산 시 해운소득과 비해운소득을 합산한 과세표준에 최저한세율을 적용하는 방식이 일반 법인세법과 다르게 계산될 수 있습니다. (예: 비해운소득의 공제전 과세표준 × 최저한세율 + 산출세액 × 선박표준이익/전체 과세표준)
    4. 결산상 비용 처리: 감가상각비, 대손충당금 등 결산상 비용 처리 시 법인세법 규정에 따라 손금으로 인정되는 범위 내에서 처리해야 합니다. 톤세 제도를 적용받는 경우에도 이러한 규정은 동일하게 적용됩니다.
    5. 신고 서류: 톤세 적용 신고 시에는 관련 법령에서 정하는 서류를 첨부해야 하며, 비해운소득에 대한 법인세 신고 시에도 일반적인 법인세 신고 서류를 제출해야 합니다.

    톤세 제도는 5년 단위로 선택 가능하며, 톤세 적용 요건을 위반할 경우 톤세 적용이 배제될 수 있으므로 관련 규정을 면밀히 검토하는 것이 중요합니다.

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