중소기업취업자소득세감면명세서의 종전 원천징수 금액과 새로 취업한 곳에서의 연말정산 금액이 다를 경우 어떻게 처리해야 하나요?
2026. 2. 12.
종전 근무지에서 받은 근로소득과 새로 취업한 곳에서의 근로소득이 합산되어 연말정산을 진행할 때, 종전 근무지의 원천징수 금액과 새로 취업한 곳에서의 연말정산 금액이 다르더라도 합산된 총급여액을 기준으로 감면세액을 계산하게 됩니다.
구체적으로는 다음과 같이 처리됩니다.
- 감면세액 계산: 중소기업 취업자 감면세액은 총급여액에서 감면대상 중소기업체로부터 받은 총급여액을 기준으로 계산됩니다. 따라서 종전 근무지와 현재 근무지의 원천징수 금액 차이 자체보다는, 합산된 총급여액과 감면 대상 총급여액을 바탕으로 감면세액이 산정됩니다.
- 연말정산 반영: 연말정산 시에는 종전 근무지에서 받은 근로소득 원천징수영수증과 현재 근무지의 근로소득 원천징수영수증을 모두 합산하여 신고해야 합니다. 더존과 같은 세무 프로그램에서는 종전 근무지의 감면 기간 및 금액을 입력하면 자동으로 감면세액을 계산해 줍니다.
- 추징 가능성: 만약 종전 근무지에서 이미 감면을 받았으나, 새로운 근무지에서의 합산 결과 감면 요건을 충족하지 못하거나 초과 감면이 발생한 경우, 추가 세액이 추징될 수 있습니다. 반대로, 종전 근무지에서는 감면받지 못했으나 합산 결과 감면 요건을 충족하게 되면 감면 혜택을 받을 수 있습니다.
따라서, 종전 근무지의 원천징수 금액과 현재 근무지의 연말정산 금액이 다르더라도, 두 소득을 합산하여 정확한 감면세액을 계산하고 연말정산을 진행하는 것이 중요합니다.
정성훈 회계사가 검증한 답변이에요.
지수회계법인
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