세금계산서 발행 후 입금 지연 시에는 일반적으로 가산세가 부과되지 않습니다. 세금계산서의 발행 시점은 재화 또는 용역의 공급 시기를 기준으로 하며, 입금 시점과는 직접적인 관련이 없습니다.
다만, 세금계산서의 발급 시기가 지난 후 해당 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 발급한 경우에는 공급가액의 1%에 해당하는 지연발급 가산세가 부과될 수 있습니다. 이는 입금 지연과는 별개로 세금계산서의 적시 발급 의무를 이행하지 않았을 때 발생하는 가산세입니다.
또한, 구리 스크랩 등 특정 품목의 경우 매입자 납부 특례 제도가 적용되어, 공급받는 자가 부가가치세를 전용계좌로 입금하지 않으면 공급자에게 가산세가 부과될 수 있습니다. 이 경우 가산세는 공급받은 날의 다음 날부터 부가가치세액을 입금한 날까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3을 곱하여 계산됩니다.