공통매입세액 안분 시 1기와 2기 면세공급가액 비율이 5% 이상 차이 나면 최종정산을 해야 하는 것이 맞는지?

네, 맞습니다. 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 공통매입세액을 안분계산할 때, 예정신고 시 적용한 면세공급가액 비율과 최종 확정신고 시의 면세공급가액 비율이 5%p 이상 차이가 나는 경우, 추가적인 정산이 필요합니다.

이는 부가가치세법 시행령 제61조의2에 따라, 예정신고 시 안분계산한 매입세액을 확정신고 시 실제 발생한 공급가액 비율에 따라 다시 계산하여 납부세액을 조정하는 절차입니다. 만약 예정신고 시 사용한 면세 비율과 확정신고 시의 면세 비율 간에 5%p 이상의 차이가 발생하면, 그 차이만큼 추가로 납부하거나 환급받게 됩니다.