비영리법인이 고유목적사업을 위해 지출한 비용에 대한 부가가치세 매입세액 공제 및 처리는 어떻게 되나요?

비영리법인이 고유목적사업을 위해 지출한 비용에 대한 부가가치세 매입세액 공제는 원칙적으로 불가능하지만, 특정 요건 충족 시 예외적으로 공제가 가능합니다.

1. 원칙: 매입세액 공제 불가

비영리법인이 부가가치세가 과세되는 사업을 영위하지 않는 경우, 해당 사업과 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액은 공제받을 수 없습니다. 이는 부가가치세법상 면세사업에 해당하기 때문입니다.

2. 예외: 매입세액 공제 가능 경우

• 수익사업 영위 시: 비영리법인이 부가가치세가 과세되는 수익사업을 함께 영위하는 경우, 해당 수익사업과 직접 관련된 매입세액은 공제가 가능합니다. 다만, 고유목적사업과 수익사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 부가가치세법 시행령 제61조에 따라 안분계산하여 공제받아야 합니다.
• 과세사업 전환 시: 고유목적사업을 위해 신축했으나 이후 부동산 임대업 등 과세사업으로 전환한 경우, 관련 매입세액을 공제받지 못했더라도 사정 변경으로 인해 과세사업으로 전환된 시점에 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다. (조심-2011-구-1314 사례 참조)

3. 증빙 처리

• 수익사업 비용: 법인세법 제116조 및 시행령 제158조에 따라 3만원 초과 거래 시 세금계산서, 현금영수증, 계산서 등 적격증빙을 수취해야 합니다. 이를 갖추지 못하면 손금불산입 및 가산세 위험이 있습니다.
• 고유목적사업 비용: 사회통념상 타당한 범위 내에서 간이영수증으로도 인정될 수 있습니다.
• 증빙 보관: 모든 증빙은 과세연도 종료 후 5년간 보관해야 합니다.

결론적으로, 비영리법인이 고유목적사업만을 영위하는 경우 매입세액 공제가 어렵지만, 수익사업을 겸영하거나 과세사업으로 전환하는 경우에는 관련 규정에 따라 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다.