결론적으로 주된 근무지, 종된 근무지 각각 연말정산을 진행하며, 주된 근무지에서는 종된 근무지 소득을 포함한 전체 연말정산을 하고 종된 근무지에서는 기본 공제만 적용하여 연말정산하는 것이 맞는지 궁금합니다.

두 곳 이상의 근무지에서 근로소득이 발생하는 경우, 연말정산은 주된 근무지에서 종된 근무지의 소득을 포함하여 일괄적으로 진행하는 것이 원칙입니다.

결론적으로, 주된 근무지에서 종된 근무지의 근로소득원천징수영수증을 받아 이를 합산하여 연말정산을 해야 합니다. 종된 근무지에서는 기본 공제만 적용하여 연말정산하는 것이 아니라, 해당 근무지에서 지급받은 소득에 대해 기본세율을 적용하여 원천징수하고, 이 영수증을 주된 근무지에 제출해야 합니다.

근거:

1. 주된 근무지에서의 합산 연말정산: 소득세법 제137조의2에 따라 2인 이상으로부터 근로소득을 받는 근로자는 주된 근무지를 정하고, 종된 근무지에서 발급받은 근로소득원천징수영수증을 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출해야 합니다. 주된 근무지의 원천징수의무자는 주된 근무지의 근로소득과 종된 근무지의 근로소득을 합산하여 연말정산을 진행합니다.
2. 종된 근무지의 원천징수: 종된 근무지의 원천징수의무자는 해당 근무지에서 지급하는 근로소득에 대해 기본세율을 적용하여 종합소득산출세액을 계산하고, 이미 원천징수한 세액을 공제한 차액을 원천징수합니다. 이후 근로소득원천징수영수증을 발급해야 합니다.
3. 종합소득세 신고: 만약 연말정산 시 합산 신고를 하지 못했거나, 추가 납부할 세액이 발생하는 경우, 다음 해 5월에 있는 종합소득세 신고 기간에 반드시 모든 소득을 합산하여 신고해야 합니다. 이를 이행하지 않을 경우 가산세가 부과될 수 있습니다.

따라서, 종된 근무지에서 단순히 기본 공제만 적용하여 연말정산하는 것이 아니라, 해당 소득에 대한 원천징수를 하고 그 영수증을 주된 근무지에 제출하여 최종적인 연말정산을 진행해야 합니다.