실손의료보험금으로 보상받은 의료비는 실제 본인이 부담한 비용이 아니므로 연말정산 시 의료비 세액공제 대상에서 제외됩니다. 따라서 총 의료비 지출액에서 실손보험금으로 수령한 금액을 차감한 후, 남은 금액에 대해서만 의료비 세액공제를 적용받으실 수 있습니다.
2019년 귀속 연말정산부터는 이 방식이 의무적으로 적용되었으며, 국세청 홈택스 또는 손택스(모바일 홈택스)에서 실손의료보험금 수령 내역을 조회하면 연말정산 시 자동으로 반영되어 공제 대상 의료비에서 차감됩니다. 부양가족의 경우, 해당 부양가족의 정보 제공 동의가 필요합니다.