세금계산서 발급 시기와 계약서상의 합의 시기가 반드시 일치해야 하는 것은 아닙니다. 세금계산서는 재화 또는 용역의 공급시기를 기준으로 발급하는 것이 원칙이지만, 예외적으로 공급시기 전에 발급하거나(선발행 세금계산서), 월별로 합산하여 발급하는 경우(월합계 세금계산서) 등에는 법에서 정한 특정 기한 내에 발급할 수 있습니다.
예를 들어, 재화 또는 용역의 공급시기 전에 대가를 전부 또는 일부 지급받고 세금계산서를 발급하는 경우, 그 발급하는 때를 공급시기로 볼 수 있습니다. 또한, 계약서에 대금 청구시기와 지급시기를 따로 정하고 그 기간이 30일 이내인 경우에도 세금계산서 발급일을 공급시기로 인정받을 수 있습니다. 다만, 이러한 경우에도 거래 사실이 확인되어야 합니다.
따라서 계약서상의 합의 시기와 세금계산서 발급 시기가 다르더라도, 관련 법규에서 정한 요건을 충족하고 거래 사실이 입증된다면 문제가 되지 않을 수 있습니다. 하지만 세금계산서 발급 시기를 잘못 기재하면 매입세액 공제가 거부되거나 가산세가 부과될 수 있으므로 주의가 필요합니다.