거래처가 부가가치세를 내지 않는 면세사업자이거나, 과세사업자임에도 불구하고 세금계산서를 발급하지 않는 경우, 해당 거래에 대해 사업자지출증빙으로 매입하더라도 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없습니다. 이는 부가가치세법상 매입세액 공제는 과세사업자가 과세 재화 또는 용역을 공급받고 적격증빙(세금계산서 등)을 수취한 경우에만 인정되기 때문입니다.
따라서 면세사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 지출증빙(계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증 등)을 수취한 경우, 해당 지출은 소득세 또는 법인세 계산 시 필요경비로 인정받을 수 있으나, 부가가치세 매입세액 공제는 불가능합니다. 만약 과세사업자임에도 불구하고 세금계산서 대신 다른 증빙(신용카드매출전표, 현금영수증 등)을 발급받았다면, 해당 증빙이 부가가치세액이 별도로 구분되어 있다면 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다. 그러나 세금계산서가 아닌 일반영수증 등으로 처리하는 경우, 부가가치세액이 별도로 구분되어 있지 않다면 매입세액 공제가 불가합니다.
결론적으로, 거래처가 면세사업자이거나 세금계산서를 발급하지 않는 경우, 해당 매입 건으로 인해 직접적인 부가가치세 매입세액 공제 불이익은 없으나, 공제를 받지 못하는 결과가 발생합니다. 다만, 비용 자체는 적격증빙을 수취했다면 필요경비로 인정받을 수 있습니다.