자본거래 관련 비용이 손금불산입되는 이유는 해당 비용이 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 발생한 손비가 아니라, 자본의 납입이나 잉여금의 처분 등 자본거래에 해당하기 때문입니다. 법인세법은 이러한 자본거래와 관련된 비용은 법인의 각 사업연도 소득금액 계산 시 손금으로 인정하지 않도록 규정하고 있습니다.
예를 들어, 주식 발행 시 발생하는 신주발행비, 감자차손 등은 자본거래와 관련된 비용으로 간주되어 손금으로 인정받을 수 없습니다. 이러한 비용은 회계상으로는 비용으로 처리될 수 있으나, 세무상으로는 손금불산입되어 법인세 과세표준 계산 시 가산됩니다.