사업자 단위 과세 사업자의 경우, 세금계산서 발급은 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 이루어집니다. 즉, 각 종된 사업장에서 재화나 용역을 공급하는 경우에도 세금계산서에는 본점 또는 주사무소의 사업자등록번호와 상호, 주소 등을 기재해야 합니다.
다만, 세금계산서의 '비고'란에는 실제 재화 또는 용역을 공급하는 종된 사업장의 상호와 소재지를 함께 기재해야 합니다. 이는 부가가치세법 시행령 제53조 제1항 제7호에 따른 규정입니다.
만약 사업자 단위 과세 적용 이전에 종된 사업장에서 발급한 세금계산서에 수정 사유가 발생한 경우, 수정세금계산서 발급 시에도 본점의 사업자등록번호를 사용하게 됩니다. 이 경우에도 실제 거래가 발생한 종된 사업장의 정보를 비고란에 기재할 수 있습니다.
전자세금계산서 발급 시 종사업장번호는 필수 기재사항은 아니지만, 거래처 관리 및 내부 편의를 위해 입력할 수 있습니다.