주택 신축 시 매입세액 공제를 받지 않은 경우, 추후 용도 변경 시에도 해당 매입세액에 대한 공제가 불가능합니다.
이는 부가가치세법상 매입세액 공제는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역에 대한 세액에 대해 적용되기 때문입니다. 당초 주택 신축 시 매입세액 공제를 받지 않았다는 것은 해당 매입세액이 과세사업과 직접 관련이 없거나, 면세사업에 사용될 것으로 보아 공제받지 못한 것으로 해석될 수 있습니다. 따라서 이후 용도 변경을 통해 과세사업(예: 근린생활시설)에 사용하게 되더라도, 이미 공제받지 못한 과거의 매입세액에 대해서는 소급하여 공제를 적용받을 수 없습니다.
다만, 만약 당초 주택 신축 시 매입세액 공제를 받았으나 이후 면세사업(주택 임대 등)으로 전용하여 매입세액이 불공제된 경우라면, 추후 과세사업으로 용도 변경 시에는 관련 매입세액을 공제받을 수 있는 가능성이 있습니다. 이는 사업의 용도 변경에 따른 세법 규정의 적용 여부에 따라 달라질 수 있습니다.