복식부기 의무자가 조세특례제한법에 따라 중소기업특별세액감면을 적용받기 위해서는 원칙적으로 세무사 등 자격을 갖춘 자가 작성한 외부조정계산서를 제출해야 합니다.
만약 자기조정으로 신고한 경우, 이는 무신고로 간주되어 중소기업특별세액감면 적용이 배제될 수 있습니다. 다만, 실제로는 외부조정을 받았음에도 불구하고 신고 과정에서 단순 착오로 '자기조정'으로 기재된 경우에는 이를 적극적으로 소명하여야 합니다.
이러한 경우, 세무대리인이 작성한 조정계산서가 있었음을 입증하고, 신고 오류에 대한 경정청구 등을 통해 감면 적용을 다시 받을 수 있는지 검토해 볼 수 있습니다. 정확한 절차와 가능 여부는 구체적인 사실관계에 따라 달라질 수 있으므로 전문가와 상담하시는 것이 좋습니다.