급여 과지급 후 반환하였으나, 잘못된 급여로 연말정산이 된 경우 회사에서 세금 환급을 어떻게 처리해야 하나요?

연말정산 후 급여 과지급으로 인해 잘못된 연말정산이 이루어진 경우, 원천징수의무자(회사)는 이를 바로잡기 위해 수정신고 절차를 진행해야 합니다.

처리 절차:

1. 수정신고: 원천징수의무자는 과세표준수정신고서 및 추가자진납부계산서, 수정된 원천징수이행상황신고서, 근로소득지급명세서 등을 관할 세무서에 제출하여 연말정산을 수정해야 합니다.
2. 추가 납부세액 발생: 잘못된 공제 등으로 인해 세금이 과소 납부되었거나 환급이 과다하게 이루어진 경우, 추가 납부할 세액이 발생할 수 있습니다. 이 경우 소득세와 함께 납부지연가산세가 부과될 수 있습니다.
3. 근로자 환급 처리: 수정신고 결과 근로자에게 돌려받아야 할 세금이 있다면, 이는 다음 급여 지급 시 상계하거나 별도의 환급 절차를 통해 처리할 수 있습니다. 만약 회사가 근로자에게 세금을 초과하여 환급한 경우, 근로자에게 해당 금액을 반환받아야 합니다.

참고:

• 수정신고는 국세부과제척기간(일반적으로 5년) 내에 가능합니다.
• 근로자가 직접 종합소득세 확정신고를 통해 누락된 공제를 반영하여 환급받는 방법도 있습니다. 이 경우 근로자는 다음 해 5월 말까지 주소지 관할세무서에 신고해야 합니다.

근거:

• 소득세법 제80조(연말정산), 제150조(납세조합 세액공제) 등
• 국세기본법 제26조의2(국세부과 제척기간)
• 국세청 예규 및 질의회신 사례