법인세 신고 시 본점으로 합산하여 신고하는 경우, 납부 역시 본점 소재지 관할 세무서에 통합하여 이루어지는 것이 일반적입니다. 다만, 본점과 지점 간에 독립적인 회계 처리가 이루어지고 있다면, 내부적으로는 지점에서 납부할 세액을 본점에서 대신 납부하고 지점으로부터 자금을 입금받는 방식으로 처리할 수도 있습니다. 그러나 이는 내부적인 자금 관리 방식일 뿐, 법인세 신고 및 납부 의무 자체는 법인 전체에 귀속되므로 최종적으로는 본점 관할 세무서에서 통합하여 신고 및 납부해야 합니다.