고용증대세액공제와 중소기업에 대한 특별세액감면은 원칙적으로 중복 공제가 가능합니다. 하지만 최저한세 적용 대상이 되는 경우, 세액공제액이 최저한세액을 초과하면 그 초과하는 부분은 공제받지 못하게 됩니다. 즉, 최저한세율에 따라 공제받을 수 있는 세액이 제한될 수 있으며, 이로 인해 두 세액공제를 모두 적용받지 못하는 결과가 발생할 수 있습니다.
고용증대세액공제는 최저한세 적용 대상에 해당하며, 중소기업의 경우 최저한세율은 7%입니다. 따라서 고용증대세액공제와 중소기업특별세액감면을 적용받은 후 산출된 총 세액이 최저한세액보다 적다면, 그 차액만큼은 공제받지 못하게 됩니다.