결손금이 발생했더라도 이익잉여금이 남아있다면, 회계상으로는 이익잉여금에서 결손금을 차감하여 표시하게 됩니다. 따라서 재무상태표상으로는 이월결손금이 남지 않은 것처럼 보일 수 있습니다. 하지만 세무상으로는 별도로 관리되며, 법인세 신고 시 이월결손금 공제가 가능한지 여부는 세무상 이월결손금 잔액에 따라 결정됩니다. 즉, 회계상 이익잉여금이 남아있다고 해서 세무상 이월결손금이 자동으로 사라지는 것은 아닙니다. 세무상 이월결손금은 법인세법에 따라 일정 기간 동안 과세표준 계산 시 공제받을 수 있습니다. 다만, 채무면제이익 등으로 보전된 이월결손금 등은 공제 대상에서 제외될 수 있으니 유의해야 합니다.