중소기업특별세액감면 적용 시, 이월결손금이 있는 경우에도 감면 적용이 가능합니다. 다만, 이월결손금은 감면 대상 소득에서 먼저 공제하는 것이 원칙입니다. 따라서 감면 대상 소득에서 이월결손금을 차감한 후 남은 소득에 대해 세액감면이 적용됩니다.
만약 감면 대상 소득보다 이월결손금이 더 크다면, 해당 사업연도의 감면 대상 소득은 0이 되어 세액감면을 적용받을 수 없게 됩니다. 이 경우, 공제되지 않은 이월결손금은 다음 사업연도로 이월되어 공제받을 수 있습니다.
또한, 이월결손금 공제 시 감면사업과 과세사업을 겸영하는 경우, 원칙적으로 감면사업 소득에서 먼저 공제해야 합니다. 감면사업 소득을 초과하는 결손금이 있을 때만 과세사업 소득에서 공제할 수 있습니다.