통합고용세액공제는 상시근로자 수가 최초 공제 연도 대비 감소한 경우, 이미 공제받은 세액공제액 중 감소한 인원수에 해당하는 금액만큼을 추징받게 됩니다. 이 경우, 실제로 공제받지 못하고 이월된 세액공제액이 있다면, 해당 이월액에서 추징세액을 차감한 잔액은 다음 연도로 이월하여 공제받을 수 있습니다. 다만, 상시근로자 수가 감소한 연도에는 추가적인 세액공제 적용은 불가합니다.
예를 들어, 2022년도에 상시근로자 수가 8명에서 5명으로 3명 감소한 경우, 2021년도에 공제받은 세액공제액 중 2,500만원이 추징 대상이 됩니다. 이 추징액은 이월된 세액공제액에서 먼저 차감되며, 만약 이월된 세액공제액이 추징액보다 많다면, 남은 이월액은 다음 연도로 이월하여 공제받을 수 있습니다. 하지만 상시근로자 수가 감소했기 때문에 2022년도에는 추가적인 통합고용세액공제를 적용받을 수 없습니다.