네, 정부 보조금이 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련하여 지급되는 경우, 즉 대가성이 있는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함됩니다.
이는 해당 보조금이 단순히 자금을 지원하는 것을 넘어, 특정 용역 제공에 대한 대가로 간주되기 때문입니다. 예를 들어, 민간참여기관이 협약사업을 수행하고 보조금을 지급받아 사업성과물을 특정 지자체에 귀속시키는 경우, 이는 해당 지자체에 용역을 공급하는 것으로 보아 부가가치세가 과세되며, 이때 지급받는 보조금 전액이 과세표준이 됩니다. 또한, 국책과제 건축공사를 수행하고 정부 출연금을 받는 경우에도 해당 출연금은 용역 공급의 대가로 간주되어 과세표준에 포함됩니다.
따라서 정부 보조금이라 할지라도 그 성격이 용역 제공에 대한 대가로 인정된다면 부가가치세 과세 대상이 됩니다.