구매확인서 발급 시점과 재화 또는 용역의 공급 시기가 일치하지 않을 경우, 영세율 적용에 차질이 생겨 세무상 불이익이 발생할 수 있습니다.
주요 불이익은 다음과 같습니다.
영세율 적용 불가: 일반적으로 영세율 세금계산서를 발급받기 위해서는 재화 또는 용역의 공급 시기 이전에 구매확인서를 발급받아야 합니다. 만약 공급 시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일이 지난 후에 구매확인서가 발급된다면, 해당 구매확인서는 적법한 것으로 인정받기 어려워 영세율 적용이 불가할 수 있습니다. 이 경우 당초에 발급한 일반세금계산서(10% 세율 적용)가 유효하게 됩니다.
가산세 부과: 공급 시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일 이내에 구매확인서가 발급된 경우라도, 공급 시기에 일반세금계산서를 발급하고 추후 영세율 세금계산서로 수정 발급해야 하는 절차를 따르지 않으면 문제가 발생할 수 있습니다. 예를 들어, 구매확인서가 발급되지 않은 상태에서 영세율 세금계산서를 발급한 경우, 사실과 다른 세금계산서로 간주되어 공급가액의 1%에 해당하는 세금계산서 불성실 가산세가 부과될 수 있습니다. 또한, 공급 시기가 속하는 월의 다음 달 10일을 초과하여 세금계산서를 발급하는 경우 지연발급 가산세(1%) 및 지연수취 가산세(0.5%)가 적용될 수 있습니다.
따라서, 영세율 적용을 위해서는 재화 또는 용역의 공급 시기와 구매확인서 발급 시점을 일치시키거나, 공급 시기 이후에 구매확인서가 발급되는 경우에도 관련 법령에서 정한 기한(과세기간 종료 후 25일 이내)을 준수하고 수정 세금계산서 발급 절차를 정확히 이행하는 것이 중요합니다.