양수자 대리납부란 사업의 포괄 양도·양수 거래에서, 양수인이 부가가치세를 양도자를 대신하여 직접 국가에 납부하는 제도를 말합니다.
일반적으로 사업의 포괄 양도·양수는 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세가 과세되지 않습니다. 하지만 사업의 포괄 양도에 해당하는지 여부가 불분명하거나, 실제 포괄 양도임에도 불구하고 세금계산서 발급 등으로 인해 과세 문제가 발생하는 경우를 보완하기 위해 마련되었습니다.
양수자가 이 제도를 통해 부가가치세를 대리 납부하면, 설령 포괄 양도 요건을 갖추었는지 여부가 불분명하더라도 재화의 공급으로 보지 않아 발생하는 세금 문제나 가산세 부담을 줄일 수 있습니다.
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