우리사주조합원이 우리사주조합으로부터 배정받은 자사주를 인출하는 경우, 해당 인출금은 근로소득으로 간주되어 소득세가 부과됩니다. 소득의 수입시기는 자사주를 인출하는 날이며, 법인은 해당 인출금에 소득세법 제55조 제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액을 원천징수해야 합니다.
다만, 「조세특례제한법」 제88조의 4 제5항 및 제6항에 따라 자사주의 보유기간에 따라 일정 비율의 금액에 대해서는 소득세를 부과하지 않습니다. 예를 들어, 과세인출주식을 2년 이상 4년 미만 보유한 경우 인출금의 50%에 상당하는 금액은 과세 대상에서 제외되며, 4년 이상 보유한 경우에는 75%에 상당하는 금액이 제외됩니다. 자사주의 보유기간은 증권금융회사의 우리사주조합원별 계정에 의무적으로 예탁하여야 하는 기간의 종료일 다음 날부터 인출한 날까지의 기간으로 계산합니다.
만약 우리사주조합원이 출연금을 자사주 취득에 사용하지 않고 인출하는 경우에는 해당 금액(소득공제를 받지 않은 금액 제외)도 근로소득으로 간주되어 과세될 수 있습니다.